生物污染是ro系统操作中最常见和最严重的问题之一，特别是当水源为地表水或富含细菌的进水，控制水中微生物的活动尤为重要，正确的设计和预处理操作是防止出现微生物污堵的先决条件，完整的取样和分析步骤是操作程序的一部分，这样微生物活动的增加在早期阶段就可发现。
一．生物污染清洗液：
清洗液一：0.1%naoh，ph=12，最高温度30℃；
清洗液二：0.1%naoh 0.025%十二烷基苯磺酸钠，ph12，最高温度30℃；
清洗液三：0.1%naoh 1.0%乙二胺四乙酸四钠，ph12，最高温度30℃；
二．生物污染清洗步骤：
1.低流量输入清洗液
当清洗水泵混合清洗液，清洗液预热以及用清洗液置换元件内的原水时，应按下表所列流量值的一半即按低流量和低压力操作条件进行，所需的压力仅需达到足以补充进水至浓水的压力损失即可。压力必须低到不会产生明显的渗透产水。低压能够最大限度的减低污垢再次沉淀到膜表面，并排放部分浓水以防止清洗液的稀释。
2.循环
当原水被置换掉后，浓水管路中就应该出现清洗液，可以让清洗液循环返回清洗液水箱。循环清洗15分钟或直到颜色不变为止。如果颜色仍发生变化，放掉清洗液重新配置新的清洗液。
3.浸泡
停止清洗泵的运行，让膜元件完全浸泡在清洗液中。元件浸泡时间1～15小时（浸泡过夜将更好）。为了维持浸泡过程的温度，可采用很低的循环流量（约为下所示流量的10%）。浸泡时间随污染严重程度而定，对于轻度污染，浸泡1～2小时足够。
4.高流量水泵循环
按下表所示的流量循环45分钟。高流量能冲洗掉被清洗液清洗下来的污染物。如果污染严重，采用高于表中所规定的50%的流量将有助于清洗，在高流量条件下，将产生过高压降的问题，单元件最大允许的压降为1bar（15psi），对多元件压力容器最大允许压降为3.5bar（50psi），以先超出为限。
5.冲洗
经预处理的合格出水可以用于冲洗清洗液，除非存在腐蚀问题。为了防止沉淀，最低冲洗温度为20 c，系统冲洗时间约1小时。
6.重新启动系统
必须等元件和系统达到稳定后，记录系统重新启动后的运行参数，清洗后系统性能恢复稳定的时间取决于原先污染的程度。为了获得最佳性能，有时需多次清洗和浸泡步骤。
高流量循环期间每支压力容器推荐流量
说明：
实践表明，清洗液3的清洗效果不及清洗液2或清洗液1。
对任何清洗液而言，清洗液与膜元件的接触时间最重要。为了恢复系统性能，有时需要数次清洗液浸泡过夜。在元件清洗之后，再清洗一次才可非常有效地除去膜面上残留的生物污染膜。任何残留的生物污染膜将会吸引和捕捉污染物，所以，再清洗一遍将有利于延长清洗周期，提高系统性能。
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